La bonne conservation d’un bâtiment surtout d’habitation, qu’il soit Monument Historique ou non, relève presque naturellement du respect et de la permanence de son usage original.  Des aménagements dits de confort tels que: isolation, ventilation, chauffage vont ainsi prévenir les effets souvent délétères à long terme que peuvent représenter les variations de température et l’humidité sur le bâti ancien. Utilisé en tant que musée, le manoir de Fontariol est resté inhabitable, sans chauffage ni autre commodité pendant 30 ans. Fermé l’hiver et soumis aux aléas du climat et des variations de températures, des dégradations au niveau des enduits sont naturellement apparues sans qu’elles présentent un quelconque caractère de gravité. Dans la perspective de  rendre le manoir habitable, une étude a été confiée à un cabinet spécialisé en Architecture du Patrimoine qui, en prenant la maitrise d’œuvre, va en coordination avec la DRAC, conduire les travaux d’aménagements nécessaires à l’habitabilité et à la conservation des bâtiments, dans une démarche à la fois scientifique et patrimoniale.

Outre les aménagements intérieurs du manoir et de sa maison annexe, et dans le cadre du même programme de travaux, un soin particulier sera apporté aux extérieurs, aux bâtiments agricoles annexes, également classés, tant au niveau de l’entretien des toitures que des maçonneries et huisseries, sans que des aménagements supplémentaires y soient envisagés. Certains éléments non totalement conformes à l’esprit et à l’organisation des bâtiments agricoles dans le Bourbonnais (tel que présence de murets entre les bâtiments) pourront également être remaniés.